Калининградское объединенное областное производственное управление строительства и эксплуатации автомобильных дорог «Калининградавтодор» в 1988 году переименовано в Калининградское областное проектно-ремонтно-строительное объединение автомобильных дорог «Калининградавтодор», которое на основании постановления главы администрации Калининградской области от 30 декабря 1991 года № 86 переименовано в Калининградское государственное проектно – ремонтно - строительное предприятие автомобильных дорог «Калининградавтодор».

      На основании постановления главы администрации Калининградской области от 14.04.1993 г. № 66 Калининградское государственное проектно-ремонтно-строительное предприятие автомобильных дорог «Калининград-автодор» преобразовано в государственное управление дорожного хозяйства при администрации области «Калининградавтодор».

      На основании постановления главы администрации Калининградской области от 04.04.1994 г. № 103 на базе государственного управления дорожного хозяйства при администрации области «Калининградавтодор» образовано Государственное управление транспортного комплекса при администрации области.

      На основании постановления главы администрации (губернатора) области от 12.03.1999 г. № 105 Государственное управление транспортного комплекса реорганизовано в комитет по управлению и развитию транспорта и дорожного хозяйства администрации области.

      На основании постановления главы администрации (губернатора) области от 16.08.1999 г. № 474 на базе комитета по управлению и развитию транспорта и дорожного хозяйства администрации области создано управление дорожного хозяйства администрации области.

      На основании постановления главы администрации (губернатора) области от 25.12.2000 г. № 484 управление дорожного хозяйства администрации области реорганизовано в департамент (комитет) дорожного хозяйства администрации области.

      На основании указа Губернатора Калининградской области от 03.10.2005 г. № 55 департамент (комитет) дорожного хозяйства администрации области реорганизован в форме слияния в Министерство развития инфраструктуры Калининградской области.

      На основании постановления Правительства Калининградской области от 23.12.2005 г. № 193 создано Государственное учреждение Калининградской области «Управление дорожного хозяйства Калининградской области».

      В соответствии с постановлением Правительства Калининградской области от 03.07.2007 г. № 416, Агентство главного распорядителя средств бюджета Калининградской области является учредителем Государственного учреждения Калининградской области «Управление дорожного хозяйства Калининградской области».

      В соответствии со свидетельствами Федеральной налоговой службы №№ 1, 9 по городу Калининграду с 16.08.2011 г. Государственное учреждение Калининградской области «Управление дорожного хозяйства Калининградской области» переименовано в Государственное казённое учреждение Калининградской области «Управление дорожного хозяйства Калининградской области».

      В соответствии с постановлением Правительства Калининградской области от 22.08.2012 г. № 648 Государственное казённое учреждение Калининградской области «Управление дорожного хозяйства Калининградской области» ведомственно подчинено Министерству развития инфраструктуры Калининградской области.